Para dejar un poco mas claro el codigo del update y no hacer una linea tan larga, se pueden almacenar los valores de los parametros de update_one en variables, de la siguiente manera:
filter = {"_id":ObjectId(curso["_id"])}
set = {'$set':{'nombre':curso['nombre'], 'descripcion':curso['descripcion'],'clases':curso['clases']}}
Asi al hacer el update solo se hace
db.cursos.update_one(filter, set).modified_count
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