Para ponerlo de una forma más fácil:
Modelo: Esta es como si tuvieras una tabla en tu código, representa a la tabla y con el puedes hacer tus consultas de tipo SELECT, INSERT, UPDATE, DELETE, etc.
Migración: Las migraciones están más pensadas para las tablas, crear tablas, alterar tablas, agregar un nuevo campo a la tabla, etc. Laravel mantiene un histórico de los modelos permitiendo tener así diferentes “versiones” de tu base de datos.
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