Otro de los puntos a considerar para definir si embeber o referenciar es la performance de la consulta.
ejem: si tienes una entidad y tienen embebido un numero x de informacion al hacer la consulta a la base de datos, si tienes que consultar en una coleccion muy grande, es un delta de tiempo, luego otro delta asociado al manejo de la data que te regresa.
Mientras que si es referenciado, puedes traer por partes la informacion para ir construyendo sea lo que sea que necesiten las reglas del negocio.
Si bien esto entra dentro de las 3 preguntas que se hace para definir cual manera de modelado elegir, esta es una pregunta posterior a tu desicion.
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