¿Es mejor escribir un archivo js con mucho codigo o tener varios archivos con secciones del codigo? Entiendo que no afecta el funcionamiento

Depende mucho , a mas codigo es mas pesada y afecta mucho al rendimiento de la web.

Ten en cuenta, que cuando más archivos tengas, se generan más peticiones HTTP, y afecta al rendimiento  desde el puntode vista TCP

También depende. A veces es buena idea tener un archivo gigante (jquery.js por ejemplo) y a veces no. Extrema fragmentación no ayuda a nadie. Tienes que usar tu criterio y pensar a futuro. 

Recuerda: 80% leyendo, 20% escribiendo.  

Es mejor si tienes tu código separado y bien estructurado, después pueden comprimir tus archivos js en uno solo (con alguna herramienta) para mejorar la carga de tu sitio. 

Algunas: http://blog.aulaformativa.com/herramientas-para-comprimir-codigo-javascript/