¿ Es necesario tener el prompt junto al parseInt ?

Para resumir código si, pero riesgoso y poco recomendable.

Teclea una letra donde esperas un número y sientate a ver arder el mundo.

No es necesario poner el parseInt y el prompt juntos en una misma línea. Se puede hacer así para reducir el código o también se puede hacer separado.

// Acá están los dos juntos.
var num = parseInt(prompt("Dame un número: "));

// Acá están separados.
var num2 = prompt("Dame otro número: ");
var num2 = parseInt(num2);

// Los dos números se guardaron correctamente.
console.log("Primer número: "+num);
console.log("Segundo número: "+num2);