¿Para programar en GitHub se puede usar JavaScript o solo lenguajes estaticos como HTML y CSS? ¿Que otros podria usar?

Primero, no programas en github, github es un repositorio remoto para git, donde puedes compartir tu código, puedes usar el lenguaje que quieras, pero si piensas usas github pages, si esta limitado solo a sitios estáticos que no se conectan a bases de datos al menos que sea por un API.

Como mencionan los demas, podes utilizar esos lenguajes y muchos mas.

Para documentacion del proyecto usar https://pages.github.com/

Y no solo lenguajes de programación. también puedes almacenar cualquier tipo de documentos (word, excel, txt, pdf, entre otros), debido a que es un controlador de versiones donde puedes ver el cambio de cualquier tipo de documento.

Github es una simple plataforma donde puedes guardar tus repositorios para dar un ejemplo:

En el protocolo de correos electrónicos existe diferentes proveedores o plataformas gmail, hotmail, outlook todas estas utilizan el protocolo SMTP, POP3 e IMAP y guardan, administran y envían los e-mail, existen proveedores o plataformas de git como por ejemplo github, gitlab, bitbucket que hacen lo mismo administran tus repositorios.

Puedes usar varios lenguajes. Los más usados son Java, Python y JavaScript, PHP y Ruby