Una pregunta, y es que he hecho el proyecto en atom y le implemente un texto y botón, con las cuales si ingreso un numero en ese texto y ...

olvide debes crear un div con el id result

Hola, el problema es que estas usando document.write, lo que hace que sobre escriba el contenido que esta en el html. Debes usar appendchild, createNode te dejo el script módificado que te va a funcionar.

var b = document.getElementById("boton");
var t = document.getElementById("texto");
var caja = document.getElementById('result')
var d;
var d2;
var maxNum = 0;
b.addEventListener("click",botoncito);
function botoncito()
{
  maxNum = t.value;
  d = false;
  d2= false;
  for(var i = 1;i <=maxNum;i++)
  {
    if (i % 3 == 0)
    {
      var para = document.createElement('p')
      var node = document.createTextNode(' fizz')
      para.appendChild(node)
      d = true;
    }

    if (i % 5 == 0){
      var para = document.createElement('p')
      var node = document.createTextNode(' buzz')
      para.appendChild(node)
      d2 = true;
    }

    if(d==false && d2==false) {
      var para = document.createElement('p')
      var node = document.createTextNode(' ' + i)
      para.appendChild(node)
    }
    caja.appendChild(para)
    console.log(i);
    d = false;
    d2=false;
  }
}

Hola :D podrías agregar tu código para ayudarte mejor?