Existira alguna diferencia entre usar Atom o Visual Studio Code?

En el resultado no. 🤔

Por un lado Atom es super ligero y casi no pesa nada, por lo que lo puedes correr de forma muy facil y sin consumir mucho de tu maquina.

Pero por otro lado VS Code es extremadamente completo, tiene una cantidad inmensa de atajos de teclado (que permiten agilizar el desarrollo: link), tiene muchas integraciones y extensiones para que puedas desarrollar y visualizar tu código de forma mucho mas interactiva ya que existen extensiones para casi todo tipo de lenguaje. Aqui te dejo tips para el manejo de las mismas según lo que programes link

Pero igual el que uses es bueno y ten en cuenta para cualquier otro programa que llegues a usar que es bueno buscar que es todo lo que te ofrece tu IDE de programación.

Atom es el editor de codigo creado y mantenido por GitHub y su comunidad, VS Code esta desarrollado por Microsoft (Y es el más popular actualmente)

Te recomiendo Visual Studio Code.

Hay diferencia, si bien no en la forma que escribes código, sí en cómo estos IDEs te facilitan el trabajo. Si no te quieres meter de lleno a la programación cualquiera te sirve, pero si quieres ser programador se recomienda mucho más Visual Studio Code porque es gratuito, tiene mejores herramientas que puedes ir integrando de una forma fácil, también tiene una consola de comandos integrada, es el IDE más usado y la mayoría de los cursos que verás en Platzi de programación se usa VS Code.

Si hay diferencias por las diferentes herramientas que te dan, pero por el momento si estas empezando a programar te recomiendo seguir con Atom ya que es sencillo de manejar.

No ninguna, todo depende del uso que le des a cada editor y si entiendes las herramientas que cada uno posee

No la verdad que no, si estas comenzando a programar las diferencias son muy pocas, para este curso y muchos más. Puedes usar el que mas te guste.