Me surgieron dos dudas: 1 - Si yo tuviera Windows (NTFS) con ciertos archivos, y me paso digamos a Linux o MAC. Como hace o que problemas...

Juan Esteban, yo soy usuario multiplataforma, manejo los 3 sistemas operativos, mi recomendación es que los 3 sistemas operativos manejan ExFat o Fat32, esos son los mejores para manejar los 3 sistemas operativos.

Hola!

1. Linux tiene soporte para NTFS, así que podrías hacer una partición, copiar tus archivos a linux y luego borrar la partición de Windows, si lo que quieres es pasarte completamente a Linux. Mac por otra parte no tiene soporte para NTFS así que tendrías que copiar los archivos a una unidad de Almacenamiento soportada por Mac (Consulta acá) o usar herramientas de terceros que te permitan explorar sistemas de archivos NTFS.
2. No, de eso se encarga el Sistema Operativo. De mostrar las cosas en pantalla, aquí se involucran cosas como el compositor, desktop manager, window manager. todas esas capas que hacen el sistema operativo visible y que después le pasan los datos a la GPU de qué va a mostrar en Pantalla, la GPU debería ser agnóstica a este archivo a menos de que estés haciendo procesamiento con Inteligencia Artificial que ahí usan la GPU como un segundo "CPU" para hacer cálculos paralelos, este tema es algo complejo :P