Cuál es mejor, eclipse o NetBeans para java EE? por qué?

Todo depende de gustos, por ejemplo a mi me gustan muchos los IDE de jetbrains, aunque son un poco pesados tiene muchas herramientas que te permiten hacer todo lo que necesitas sin usar otras herramientas.

Me quedo con Netbeans. Actualmente permite instalar cosas puntuales y el modo debugger me parece mucho más intuitivo que Eclipse, que a la final, es algo que estarás trabajando todo el tiempo.

Using the NetBeans Debugger