¿Cuales es la mejor practica para desacoplar instancias?

Tengo una web app desarrollada con JS (front end y backend) que consume una base de datos MongoDB. Tanto la webapp como la base de datos NoSQL corren en un mismo droplet.

Como voy a desplegar otra web app que va a consumir la misma base de datos y ademas otra base de datos Mongo ¿es mejor crear una instancia solamente para MongoDB que contenga N base de datos distintas o cual es la mejor manera de mantener desacolpada mis capas?