Tengo una duda sobre la maquetacion. Si se le pongo publicidad a mi sitio web todo ese espacio que ocupa la publicidad no me rompe el lay...

Existen tamaños estándar, te dejo una imagen con los más usados:

Y hay medidas predeterminadas para los espacios de publicidad? Me imagino que debe existir un minimo o algo asi.

Si quieres poner publicidad debes maquetar el lugar donde irá esa publicidad según el formato de publicidad que se vaya usar, así no se rompe el layout de la página.