Si tengo una clase bean con atributos y metodos getter y setter que implementa anotaciones de una libreria ¿es todavia considerado un POJO?

Recuerda que el concepto de POJO. Pojo es un objeto java sin más limitaciones que las especificaciones del propio lenguaje, son clases simples que no dependen de un framework especial, manejan la inyección de dependencia, programación orientada a aspectos y tienen un API de abstracción simplifcado.

Con el hecho de decir que implementa anotaciones de una librería, no se puede catalogar como POJO.

Si tu clase beam hereda de otra clase, implementa una interfaz o contiene anotaciones lo mas probable es que no.