Pregunta, ¿La clases anidadas no terminan siendo una mala práctica? ¿esto va en contra del principio de alta cohesión y bajo acoplamiento ?

El principal uso de una clase anidada es ser utilizada dentro de la clase outter.

Terminan siendo una mala practica cuando son demasiadas.

es similar a los if() anidados, demasiados if() anidados puede ser demasiado complejo de leer, pero en ocasiones se necesita un if() anidado para una validación extra.

Depende de como se usen. Si la clase es muy pequeña y nadie más la va a usar o si el requerimiento de acceso a la clase es que únicamente otra clase determinada pueda hacerlo, las clases anidadas son un opción.