¿Cómo puedo usar IN() en MySQL pero que compare sólo el primer valor en la columna de la tabla?

Me explico:

Tengo una tabla donde hay un columna denominada UBIGEO y que contiene tres valores separados por comas: a, b, c cuyo orden es importante pues el "a" representa la región, "b" representa la provincia y "c" representa el distrito.

Por otro lado tengo un buscador que ubicará todas las filas por regiones, es decir el usuario tiene un form con multiples checkbox.

Mi problema es como optimizar la búsqueda ya que al usar WHERE ubigeo IN (1,2,3,4)  me compara los valores sólo del primer valor de la columna "a", es decir  devolverme los datos donde a =1 ó a=2 ó a=3 ó a=4 sin importar que valor tenga "b" y "c". Ojo que a,b y c están separados por comas y dentro de una misma columna.

¿Alguien tiene un forma de lograr la búsqueda? ¿O qué me sugieren? Por el momento me es muy dificil separar cada valor a,b y c porque existe muuucha data y esa forma se repite en otras tablas y columnas.

Gracias de antemano , si necesitan más detalles me avisan.