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¿Hay alguna forma de cambiar los tipo de datos cuando ya están creados? Por ejemplo, cambiar de VARCHAR(3) a VARCHAR(5). Y en cuanto a los valores por defecto, ¿Cómo puedo cambiar un NOT NULL por NULL y viceversa? ¿Existe alguna forma de hacerlo?

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Puedes usar ALTER para modificar la estructura de la base de datos, tienes que tener en cuenta que en el campo VARCHAR 3 a 5 no hay problema si fuera al reves te va a cortar los datos mas largos a 3.

ALTER TABLE table_name MODIFY COLUMN column_name datatype null;