¿El setTimeout() cuenta su tiempo desde que el programa llega a esa linea o desde que termine de ejecutar todo el script?

@DavidArmandoVelazquez el tiempo va a contar desde que llega a la llamada del setTimeout, en este caso como dices deberías esperar 10 segundos más o probablemente un poco más si el timeout se invocó cuando el script principal lleva 5 segundos de ejecutado entonces si tarda 10, tendrías que esperar 15 segundos.

supongamos que le damos delay de 20s pero termina de ejecutar el programa principal en 10s, entonces solo le restaria esperar los otros 10?

Hola, setTimeout() comienza a contar el tiempo una vez se invoca esta función.