De los servicios web tanto SOAP y REST, siendo WCF que utiliza SOAP y Web Api 2.2 Utiliza Rest cual es el más preferible para MVC ASP.NET?

Recuerda que todo en programación depende, me explico, depende de qué tipo de requerimientos tengas, si vas a trabajar con diferentes tipos de seguridad, modulos de encriptación, contratos y un mundo de vainas para el sector bancario por ejemplo, vale la pena y es mejor trabajar con WCF, tiene n mil características que lo hacen muy muy robusto. 

Web Api son servicios web super ligeros, fáciles de usar e implementar y lo mejor es que se basan (no necesariamente al pie de la letra) en la arquitectura de servicios REST. es decir, consumo http puro, puede realizarse fácilmente llamado e implementación desde una aplicación web, Aplicación windows, Windows Phone, iOS, Android... Cualquiera puede acceder de forma sencilla a los servicios web a través de http. 

Recordar que tanto WebApi como WCF pueden implementarse en proyectos web ASP.NET MVC 

Yo actualmente uso en mi trabajo WebApi, le tengo tbn un modulo de seguridad, paginación, optimización... Decidí usarlo porque son mucho más ágiles y fáciles de construir e implementar el llamado en otras plataforma entre otras porque es el backend de unas aplicaciones móviles.

Todo depende de los requerimientos.