¿Solamente el Photoshop CC nos permite diseñar interfaces con la metodología Atomic Design o con CS6 también podemos?

Probablemente Photoshop CC no sea la mejor herramienta para trabajar el diseño de UI con un enfoque Atomic Design, puedes trabajarlo con cualquier herramienta pero el concepto Atomic encaja mucho mejor con el manejo en herramientas com Sketch, Figma o Framer.

Es probable que estilos de parrafo, estilos de de texto, mesas de trabajo, seguro se me escaparán algunas más, pero realmente son las que te facilitarían el trabajo para atomic

Atomic Design es una metodología, no es una característica propia de photoshop, lo que es posible es que algunas herramientas que están en CC no estén disponible en CS6