En cuanto a un único sprite atlas o un sprite set de player, terreno, y uno por cada tipo de enemigos, etc. ¿una consulta que es mejor o ...

Cuando son muchas imágenes es mejor dividir en categorías (player, terreno, armas, enemigos), procurar que cada Sprite Atlas no supere los 2048 x 2048 pixeles y que tengan 72 dpi en su resolución. (Fuente: Mariano Rivas, profesor de Udemy)

Si son muchos los Sprites, es recomendable un Sprite Atlas, de lo contrario si es algo pequeñito, podría servir el usarlo separado. Recuerda cuidar mucho el performance.