¿Cuáles herramientas recomiendan para hacer análisis de código en nodejs y en PHP?

Sonarqube

tambien te recomiendo sonarqube con lo uso java y funcion muy bien.

SonarQube , es free , open source y es muy facil de manejar lo unico es aprender la teoria pero luego ya es mas facil, lo bueno es que permite analizar el codigo fuente php y node.js entre otros para mayor informacion en la pagina web de Sonar https://www.sonarqube.org

sonarq no se si sea libre creo que tienes que pagar