¿Cuales son las ventajas y desventajas de combinar contenedores con virtualización? es decir, tener contenedores en un ambiente virtual.

No le hallo sentido a ese esquema.

Si es un cluster de Maquinas Virtuales, lo podrías aprovechar para ganar la alta disponibilidad.

En mi opinión eso estaría bien para empresas que necesiten administrar instancias diferentes para cada cliente y que además almacenen muchos archivos de transacciones.

NI idea pero si se puede hacer