¿Por qué guarda las clases en diferentes archivos? ¿No se podrían hacer todas en el mismo?

Sí se pueden hacer todas en el mismo, pero me parece que es por tener un código más limpio y legible. Es mucho más ordenado ir al archivo donde esta lo que quieres que estar buscando en uno solo que contiene miles de lineas.

Ya entiendo, entonces podemos decir que son buenas prácticas.

En java ademas se tiene que hacer para que sean publicas, si no solo tendrán visibilidad de paquete, limitando su uso, a menos que asi este diseñada, saludos :)

Aunque puedes crear todas las clases en un mismo archivo, y tu código funcionaría sin problema, se acostumbra por buenas practicas siguiendo los principios SOLID, a separar cada clase en un archivo, buscando que cada clase tenga una única responsabilidad. Por otro lado al estar desacoplado el código permite una mayor manejo por parte de otro desarrollador, ya que es mas legible, mas entendible y mucho más fácil de seguir.

Está relacionado con la modularidad

Javier, buenas tardes, otros compañeros de la comunidad te han respondido con suficiencia. Pero piensa en esto: Si arrancas un proyecto personal (o tu propio emprendimiento), cuando pasen los meses o incluso los años, veras que no es sostenible en el tiempo tener todo tu código en un solo archivo. Anahí, lo hace de esta manera porque ya en su ADN (por tantos años de experiencia) de manera automática aplica como tu lo mencionas, buenas practicas de programación.

Es por el concepto de moduralizacion para mantener un programas mas ordenado y limpio

Hola

Además, esto es parte de la modularización de código, otro aspecto fundamental de la programación orientada a objetos. Entre otras ventajas de hacerlo de esta manera, se encuentra que: te permite encontrar los errores (bugs) con mayor facilidad, favorece el mantenimiento del código y además es una buena práctica de desarrollo cuando nuestro código va creciendo con el paso del tiempo, aparte de por supuesto hacer más fácil la comprensión y legibilidad de nuestros proyectos.