¿Se puede hacer un schema por cada entidad? es que tener todas las entidades en un solo esquema se me hace que es un poco desordenado

Sí, puedes crear schemas para cada entidad. Personalmente yo no lo escribo en archivo .js mis archivos de GraphQL, yo lo ahgo con la extensión de .graphql y luego hago merge de los schemas usando graphql-tools :D y lo mismo para los resolvers

Así el código queda modularizado y más escalable a mi parecer