No comprendí muy bien la configuración de atlas y la instalación del server y compas en que se diferencia cada uno o cuando se utilizan l...

En sí lo que se instalaba es Mongo que es la base de datos como tal, a esa accedes por medio de terminal si no tienes un cliente. Compass es el cliente. Así como Workbench es para MySQL. Mysql la base de datos, workbench el cliente para manejarla en un entorno gráfico en lugar de la terminal.