Cómo se hace para ejecutar el programa sin el IDE?

A) Lo descargas con snap (para Ubuntu 16.04 en adelante y demás derivados de Debian):

sudo snap install --classic kotlin

B) Compilas con kotlinc:

kotlinc Hello.kt

C) Ejecutas con java (ya que genera un .class):

java Hello

Puedes usar también la plataforma de kotlin koans, para ejecutar tu código desde el navegador. https://play.kotlinlang.org/#eyJ2ZXJzaW9uIjoiMS40LjEwIiwicGxhdGZvcm0iOiJqYXZhIiwiYXJncyI6IiIsImpzQ29kZSI6IiIsIm5vbmVNYXJrZXJzIjp0cnVlLCJ0aGVtZSI6ImlkZWEiLCJjb2RlIjoiZnVuIG1haW4oKXtcbiAgICBwcmludChcIkhlbGxvIHdvcmxkXCIpXG59In0=

Dejo estos links, en caso de ser útiles.

GitHub Pagina Oficial

Primero que todo, debes descargar el compilador del GitHub oficial de Kotlin, . Añadir la carpeta bin al system path,(todo esto si usas windows), con Linux es mucho más sencillo. Sin embargo después de tener todo eso instalado, y como dice @Sebas_5758, es la misma dinámica con la que se compila en java, con unas leves variaciones. Ejemplo en linea de comando:

kotlinc  HolaMundo.kt -include-runtime -d HolaMundo.jar

El "-include-runtime" no es necesario, pero es muy útil, dado que te crea el archivo ejecutable de una vez.

Ahorita mismo no te tengo la respuesta pero supongo que es lo mismo que con Java y C++, pues son lenguajes compilados. Lo que yo hago es simplemente es usar el compilador por defecto que viene con java (para el caso de Java especifico) y para el caso de C++ me instale uno. Espero te sirva, ahora voy a empezar el curso de Kotlin a ver como me va y te comento como le hago para compilarlo en la terminal :)