tengo una pregunta cuando hacemos npm install md5 dentro de la carpeta del proyecto esa libreria que descargamos solo es disponible para ...

uhhmmmm interesante..

Hola! No, la dependencia se encontrará disponible únicamente dentro de la carpeta del proyecto, de hecho para eso es la carpeta node_modules, si entras allí verás que hay un montón de carpetas, cada una de las carpetas es una dependencia, ya sea una dependencia declarada en el package.json, como en este caso md5, o dependencias de tus dependencias, si, las dependencias también tienen dependencias :P.

Todo esto es para evitar conflictos si se trabaja con versiones diferentes en diferentes proyectos. Por otra parte lo que hace npm o yarn para acelerar los procesos de instalación es guardar la dependencia en cache, de tal manera que si se va a instalar la misma en otro proyecto, esta se instale desde la cache y no se descargue nuevamente. De todas maneras eso es algo que veremos en el Curso de NPM cuando salga :D