Tengo una duda, en el caso de que quiera mandar mi proyecto de Unity a un repositorio entonces deberia unicamente subir los scripts y los...

Hasta donde sé, Unity ya tiene una forma interna en la cual trabajar de forma colaborativa, creando tu proyecto y dando de alta a las personas que quieras que colaboren en el y cada ves que haces un "commit" le avisa a los demás para que actualicen el proyecto, lo use y sirve bastante bien. https://unity3d.com/es/unity/features/collaborate

Muchas gracias compañeros :D

Hola @RicardoRA20.

Te dejo por aquí un vídeo que habla como trabajar Unity junto con GitHub solo que el vídeo esta en ingles pero es bastante intuitivo para entenderlo y aquí te dejo otro vídeo que es en español como seria un flujo de trabajo de Unity con GitHub.

Espero que te sea de utilidad y te deseo suerte en tus estudios.