porque la linea git commit -m “este es el primer commit” se trajo el archivo historia, si en ningun momento especifique que archivo iba a...

Cuando haces un git add . todos los archivos pasan a staging. Cuando ejecutas el commit se confirman los cambios de los archivos que están en staging. En tu caso, el archivo ya habría sido agregado (con git add . o con git add historia) . Vale la pena mencionar también, que cuando haces commit no especificas de que archivo quieres hacerlo, git lo hace de todo lo que está en staging.