Cómo se acepta un cambio y otro no?

Mira, te dejo un ejemplo del rechazado de cambios:

Cuando oprimes el botón "Close with comment" el pull request se cierra y los cambios son declinados, obviamente, solo debes rechazar un cambio cuando estés segura de que en verdad quieres rechazarlos y tengas tus motivos claros, recuerda que si alguien está contribuyendo es porque probablemente encontró algo que mejorar en tu proyecto ^^

Así se vería una vez el pull request ha sido cerrado y los cambios rechazados

Hola, si empiezas a ver el video desde el minuto 11:11 verás el proceso que hace Freddy pra aceptar los cambios, desde el review de los cambios hasta hacer el merge.

Usualmente para no aceptar los cambios se suelen hacer reviews de por qué los cambios no se aceptaron, o sugerencias de cambios para que se acepten ^^

Puedes hacer comentarios en el Pull Request para pedir que metan x cambios y x otros no, por ejemplo.