Que me recomiendan?, Usar mejor Git a través de Ubuntu o usar Git Bash? Ya que los dos tienen ubicación “~” diferente, tendría que escoge...

ah ok, si te sentis comodo en wsl, le daria una oportunidad a instalar un linux en tu maquina. Es un buen paso para adentrarse en un nuevo mundo.

Pero sino estar en windows y usar git bash esta mas que bien.

Lo importante de todo esto es que estes comodo trabajando/estudiando. Si quieres dar un paso mas, usar linux es una buena opcion. Ubuntu es una linda distro para comenzar.

Hola, yo trabajo desde el entorno de WSL pero al momento de tener el Git bash y el Ubuntu veo que tienen diferente carpeta de origen y eso me implica no poder tener los mismo archivos para trabajar desde los dos lados, entonces me toca buscar o decidir en cual de los dos entornos es mejor trabajar y ese es mi inconveniente

Puedes usar wsl https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/install-win10 Y levantar visualstudio code ahi y usar bash de linux.

Si te sentis comodo trabajando en windows, sigue en windows con git bash.