por algun motivo no me deja comentar parrafos largos, esencialmente no entiendo como decide que cambios se aplican de que ramas

El tema de los párrafos largos lo mejor siempre es escribir descripciones para los commits cortos, no mencionando cada cambio si no algo que englobe los cambios, por ejemplo, Estilos Header, Cambios Header.

Hola. siempre que haces merge debes estar en la rama de destino por ejemplo master y en el comando git merge pasas el nombre de la rama que quires mezclar en master.

Por ejemplo Te pasas a la rama master

Los cambios se aplican en la rama que te encuentras actualmente, por eso anteriormente tienes que hacer checkout a la rama master (Que es donde normalmente se dejan los cambios ya probados).

Igualmente si quieres actualizar tu rama, en caso de que hayas hecho mas commits en tu rama master o traer los cambios de alguna otra rama el HEAD debe estar apuntando a la rama que quieras actualizar