tengo una duda con el commit y la forma en la que lo usa, usualmente al yo hacer un commit en ubuntu, abre una nueva ventana que es donde...

No hay diferencias, en una introduces el mensaje desde la línea de comandos y el en la otra desde un editor de textos.

La diferencia está en que en el comado commit se puede enviar un comentario y en la pantalla (editor vi) se puede añadir más detalles. En el comando commit

En el editor: en la primera línea va el comentario y en el resto de líneas puedes dar un mayor detalle de tu commit, por defecto aparecen líneas comentadas con los archivos modificados.

Lo que ta aparece es un editor (VI) que te permite ingresar un mensaje del commit.

Hola. Teóricamente son lo mismo, la segunda ventana aparece cuando no le escribes un mensaje en el commit como para advertirte de la importancia que describas los cambios que realizaste.