Me gustaría saber cual es la diferencia Principal entre una base de datos relacionales y no relacionales

La principal diferencia es la estructura bajo la que se rigen. Mientras las bases de datos relacionales (SQL) se manejan con tablas y relaciones directas, las no relacionales (NoSQL) no manejan tablas y puedes verlas en forma de una lista enorme o grafos.

Dicen que una imagen habla más que mil palabras, aquí un gráfico de la estructura de ambas: