¿Es recomendable darle a cada tabla un id (ejemplo id_tabla) o dejarlo solamente como id?

Perdon, no se si esto te aclara la duda, pero los ids, dependeran de tu diagrama o entidad de relacion, detectar que campos seran primary key

En las bases de datos relacionales las tablas se manejan con un id, en el curso el profesor trabajo con la interfaz grafica de MySQL Worbench y todas las tablas las manejo con "id", lo único que para poder referenciarla en alguna consulta tienes que llamar primero a la tabla y luego al campo ( Ejm: usuarios.id ) sino te aparecerá el siguiente mensaje de error.

- Error Code: 1052. Column 'id' in where clause is ambiguous

Las bade de datos relacionales necesitan de una llave como tal, por lo que se ha vuelto una practica buena el darle id's a cada tabla (es lo que se le llama indexación).

En resumen, sí es recomendable hacerlo.