En mi empresa nos toca manejar dos lineas, que se separan en dos empresas. En este caso como se manejaria el CRM?

Crea 2 tableros de pipelines diferentes pero en el mismo CRM

Hola Javier, bueno si lo quisieran manejar bajo un CRM la configuración podría ser como calificación de Ingreso. Abrir una categoría 1 para la empresa 1 y en la misma lista la categoría 2 para la empresa 2. De esta forma podrás tener en un mismo reporte tus oportunidades y clientes pero si quieres los podrás filtrar. Todo depende la configuración y de la herramienta que uses. Al final lo importante es tener orden pero sobre todo ser mas eficiente y efectivo.