Que difrencia habria entre crear una clase normal con su metodo run y una clase anidada con la clase y el metodo run

La diferencia es el proposito: cuando creas una clase debes preguntarte el alcance, si la nueva clase va solo a utilizarse en una sola clase sería buena decision crearla en la misma clase donde solamente se va a utilizar.Espero haberte ayudado.