pregunta, en un modelo Mvc, como debo organizar mis directorios public, src, test y vendor, o mejor, cuál sería una estructura estandar d...

Normalmente en un proyecto de MVC lo más común es que encontrarás una carpeta solo para los controllers, una que contendrá todas las clases que se encarguen del acceso a datos y otra para las vistas.

También, es muy común que encuentres carpetas como utils, aunque realmente no hay una estructura que esté tallada en piedra. Lo mejor es categorizar por grupos y esto también dependerá de la magnitud del proyecto.