Según los lineamientos del Clean Code no deberiamos utilizar comentarios como ultima instancia, y deberiamos ir por una programacion limp...

Esto es verdad,por eso hay que hacer distinción entre comentarios y documentación. Javadoc funciona como documentación, no comocomentarios. Los comentarios ayudan a entender mejor el código. La documentación te dice que hace el código sin necesidad de leer el código como tal.