¿El padding afecta al hover pero el margin no?

En cierta forma es correcto. Para activar el hover es necesario pasar el mouse por encima del elemento, el padding va por dentro, así que forma parte del tamaño que tendrá el elemento, y el margin va por fuera, esto no afecta mas que en la posición o espaciado que le puedes dar a dicho elemento. Claramente como dijo mi compañero en el otro comentario, por medio de un hover si se puede cambiar cualquier propiedad incluyendo padding y margin.

Hola Marlon,

Ambos lo afectan pero para que sea agradable el cambio en en margin será necesario agregar una transición.