descargue Hyper en mi windows y no reconoce los comandos es decir pongo ls y sale que no lo reconoce

Recuerda también que Hyper debe tener configurada por defecto la terminal de Ubuntu para hyper, esta línea en el archivo de configuración de Hyper debe estar así

shell: 'C:\\Windows\\System32\\bash.exe',

Puedes ingresar a la configuración de Hyper en

o con :D

Asegúrate de que estás dentro de Hyper y no de la terminal cmd de window.

Este tipo de herramienta en windows suelen dar problemas, mira aquí te dejo un artículo en el que te describen como configurar Hyper para Windows 10 tal vez algo de ahí te sirva.