¿En qué afecta tener dos puertos jack uno para audio y otro para voz?

No afecta en nada, solo que debes considerar que el dispositivo de audio que desees conectar cumpla con la característica de conector. en tu equipo de computo; por ejemplo: una diadema con micrófono, actualmente tiene un solo conector de audio 3.5 por el cual transmite audio y a su vez recibe audio por el micrófono. Antes estaba dividido, un canal (jack de audio ) para salida de audio y otro (jack de audio para recibir el audio del micrófono.