donde se guardan los archivos o directorios que creo desde la terminal?

cuando guardaste tu archivo con extension .txt si el s.o lo interpreta con un archivo de texto, eso depende de la extension.

Bueno pero ¿si se guardan así con el Bash de Ubuntu en Windows? Según yo como tienen diferentes sistemas de archivos debería de tener un proceso de guardado diferente ¿no?

Pon pwd en laterminal, esta te dirá la dirección en donde estas situado, ahí es donde se guarda tu archivo. También puedes crear el archivo y decirle a la terminal en donde quieres que se guarde, ejemplo: nano /var/www/html/mi_archivo.txt

creo que no me supe explicar, lo que quiero decir es que cuando creo un archivo en la terminal, este aparece de manera gráfica en windorws? cree un archivo .txt, windos lo interpretaria como un block de notas?

Se guardan en el mismo directorio donde ejecutaste la orden.