Buenas tardes ¿Quisiera saber qué diferencia existe entre la terminal de Windows y Linux? ¿Por qué se recomienda más usar la de Linux?

Debes diferenciar entre las Terminal que es el programa que gestión la conexión y el Shell que es el programa que interpreta los comandos, que en Linux usualmente es BASH, pero que yo recomendaría Zsh.

Entonces, cuando abres una terminal, esta por defecto ejecuta un Shell, Python, una conexión remota SSH, o en la práctica cualquier programa diseñado para la línea de comandos.

En windows, puedes abrir una terminal con CMD, Command, PowerShell e incluso BASH.

Por lo que quizá tu pregunta se refiera a la diferente entre el Shell de Windows y el de Linux, y esa diferencia tiene que ver en realidad con el acceso una gran cantidad de comandos que vienen en Linux y que sin duda le facilitan el trabajo a un desarrollador.

En Windows puede acceder a esos comandos y Shell, a través de Git BASH, WSL, MigGW, Cygwin,y otras por el estilo.

¡Hola John! Principalmente porque la terminal de Windows tiene muchas limitaciones por todos los bloqueos de fábrica que trae Windows. Mientras que Linux al ser software libre puedes manejar todo el sistema operativo como quieras. También porque la gran mayoría de los servidores están en sistemas Unix/Linux y la manera de manejarlos en con la consola.