En el caso de los objetos, ¿estos si pueden ser modificados por una funcion?

Exacto, he visto casos en que igualando el valor de una variable con otra, y luego modificar en valor de una de las variables solo es afectada una sola. Pero en el caso de los objetos pareciera que cuando los copias en realidad es una referencia al mismo espacio en memoria porque estos si son modificados

Te refieres a modificar el contenido de un objeto? Con las funciones puedes manipular también los valores de un objeto, pero normalmente esto no se verán reflejados en el objeto original, no tanto por el scope, sino porque se pasan por valor y no por referencia.