[Sass] al hacer una modificación desde ‘Elements’ se modifica el .css no el .scss, ¿es así como debe funcionar?, no debería modificarse e...

con esto entiendo que para un proyecto trabajado en Sass, no sería recomendado editar los estilos mediante el ++DevTools++, para así no perder la "sincronización" entre "los fuentes" y "el transpilado", correcto? ... o hay alguna forma de, a partir del CSS "(modificado" se puedan actualizar "sus fuentes" (sin estos crearse desde cero)?

Como comenta Efrain, Saas es un preprocesador que tiene que compilar a CSS para que el navegador pueda entender los estilos, cuando modificas el scss de tu proyecto en DevTools, ya estás modificando los estilos que fueron compilados (el archivo css) así que es por eso que los estilos que cambias, se guarden en ese css.

No, recuerda que Sass es un preprocesador y el navegador solo lee y ejecuta los estilos del .css tu archivo scss no lo puede interpretar el navegador. Ya que solo reconoce el código puro