Si uso una configuración es2020 por ejemplo no habría problemas de compatibilidad entre el JS generado y el motor del navegador?

Si tu navegador tiene el mismo todo bien pero si lo haces en un proyecto & un usuario que tenga un navegador del 2000 pues no va a usar tu proyecto.

En este caso por lo que entiendo deberias utilizar alguna herramienta al estilo Babel para ahorrarte cualquier problema de compatibilidad. Babel muy sencillamente explicado es un traductor de codigo Js de nuevas generaciones(ES2020, ES2021 y cualquiera que llegue) a codigo entendible por cualquier navegador actual

Lo que podría llegar a suceder es que no todas las funciones se ejecuten correctamente si la versión de tu navegador aun no las soporta, saludos :)