¿Es recomendable trabajar todos los archivos de proyecto desde un disco duro externo y no desde el disco duro de la propia computadora?, ...

Lo mas recomendable es que lo hagas desde del disco interno de la computadora.

Es una opción válida, solo ten en cuenta que quizá la velocidad en la que transfieres los archivos del disco duro externo a Premiere puede ser quizá más lenta que si los archivos los tuvieras en una memoria SSD del computador.