Excelente información, me gustaría saber como Versionar mis proyectos de Unity de la Mejor manera, sea con Git o con alguna otra herramie...

Unity tiene un pipeline de desarrollo basado fuertemente en ++prefabs/objetos y packages.++ Unifiquemos estos tres en un termino "compendio" de información. Tienes que tratar de mantener tus compendios de información lo más modular posible. Seguir un diseño de programación SOLID es útil. SOLID info Solo una persona debe modificar cierto compendio de información en cada branch. Si se trabaja en un mismo compendio es muy seguro que las versiones choquen y si se fuerza se puede romper el compendio o el proyecto. En tu caso la escena es un objeto y al ambos manipularlo en paralelo las versiones chocan. Para evitar esto cada quién trabaja en sus compendios por separado, escenas diferentes en este caso, y solo uno de ustedes lo unifica. Usualmente el lead programmer o game designer. Digamos que uno está trabajando en el escenario y otro en la navegación del enemigo. El level designer tiene una escena para diseñar el nivel y el programador otra para hacer las mecánicas jugador-enemigo. Cuando ambas están listas, se guardan como prefabs y se unifican en una tercera escena, podría ser tu nivel 1. :)

Excelente, muchas gracias, He tenido algunos inconvenientes en Git a la hora de fusionar ramas traídas desde la PC de un compañero de mi equipo, aparentemente fusionar escenas no parece ser buena idea, quizás lo estamos haciendo mal, habrá alguna forma correcta de hacerlo? No encuentro información en Internet que me ayude.

Una forma sencilla con Git es hacer uso de los tags para mantener un registro de tus versiones.

Los repositorios en la nube como Github, Gitlab o Bitbucket ofrecen estrategias para llevar un control de tu código a través de ramas. En el caso particular de bitbucket existe el branching model, una estrategia que te permite separar tu código en diferentes ramas de acuerdo al estado del código:

• master or develop
• production
• feature
• bugfix
• hotfix
• release