Me surgió una duda: El método .replace cambia todas las letras de una cadena (p. ej. todas las letras ‘e’ de una cadena) pero, ¿Cómo pued...

El método replace tiene como tercer argumento opcional count que es el número de veces que queremos que se reemplace

string.replace(oldvalue, newvalue, count)

ej:

hola = "hola hola hola"
hola2 = hola.replace("hola","adios",1)
print(hola2)
"adios hola hola"

Si quieres cambiar una letra específica que puede repetirse y que no sea la primera, te recomiendo convertir el string a una lista.

string_list = list('Soy Zam, mucho gusto')
>>> string_list
['S', 'o', 'y', ' ', 'Z', 'a', 'm', ',', ' ', 'm', 'u', 'c', 'h', 'o', ' ', 'g', 'u', 's', 't', 'o']
string_list[4] = 'S'
>>> string_list
['S', 'o', 'y', ' ', 'S', 'a', 'm', ',', ' ', 'm', 'u', 'c', 'h', 'o', ' ', 'g', 'u', 's', 't', 'o']

Luego para convertirlo en un string nuevamente, utilizas el método join

"".join(string_list)